תכנית זו נוסדה במסגרת החדשנות הפדגוגית ונבנתה ע"י הצוות הפדגוגי פנימה ובשיתוף אנשי מקצוע. בתוכנית זאת אנו מלמדים את מקצועות הליבה של תכנית הלימודים אך בדרך מגוונת וייחודית.

מה שעומד לנגד עיננו בתוכנית "מנגינת הלב" הוא תחומי העניין וכישרונותיו של התלמיד. בתוכנית זו אנו שואפים ליצור תנאים מתאימים למימוש ייחודיות התלמיד בתוך הקבוצה וללמד את מקצועות הליבה העיוניים במרחבי למידה מגוונים.

בשעות אלו התלמידים מקבלים הכוונה ללמידה לפי האינטליגנציה המרכזית שאנו מזהים בהם ובנוסף הם לומדים באופנים שונים כגון: אומנות, חקר, סרטים, ספרים ועוד וכל זאת במטרה ללמוד בדרך המדויקת להם. בנוסף, התלמידים משתתפים בבחירת נושאי הלימוד מתוך דגש על "אין אדם לומד אלא במקום שליבו חפץ". לשם פיתוח הכישורים והכישרונות התלמידים שותפים לפרויקטים לימודיים בהם הם יכולים להביא לידי ביטוי את כישרונותיהם המגוונים. התלמידים בתוכנית זאת עוברים סדנאות ושיעורים לפיתוח מכלול כוחות הנפש. 

 בכל שעת מנגינת הלב מלמדים שני מורים במקביל ע"מ ליצור את מרחב הלמידה הראוי ולתת מענה לכל תלמיד ותלמיד